Kantor Kementerian Agama Kab. Gorontalo Utara berdiri pada tahun 2009 sesuai PMA RI Nomor 41 Tahun 2009 tentang pembentukan Kantor Departeman Agama Kabupaten Gorontalo Utara (sekarang Kementerian Agama) dibawah naungan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Gorontalo. Kantor Kementerian Agama Kab. Gorontalo Utara beralamat di Jl. Cimelati Desa Alata Karya Kec. Kwandang Kab. Gorontalo Utara. Latar belakang berdirinya Kantor Kementerian Agama Kab. Gorontalo Utara ialah karena untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat di bidang agama serta untuk menindaklanjuti Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2007 tentang Pembentukan Kabupaten Gorontalo Utara di Provinsi Gorontalo.